Макароны отваривать в кипящей подсоленной воде на 1 минуту меньше, чем указано на упаковке. Сливочное масло растопить в глубокой сковороде, всыпать муку и помешивать, пока мука не заварится. Не переставая помешивать, добавить мускатный орех, небольшими порциями влить молоко и, продолжая мешать, на небольшом огне уваривать соус, пока он не загустеет. Добавить шпинат, перемешать и готовить, пока листья не станут мягкими. Сыр натереть на крупной терке. Половину натертого сыра добавить в соус, посолить и поперчить. Выложить в соус макароны, все перемешать и снять с огня. Посыпать пасту оставшимся сыром и листьями тимьяна.